針對前總統陳水扁指稱，2006年迷航之旅因當時代表商總的王令麟洩密，導致專機遭中國打壓，王令麟反駁表示，與事實不符，也模糊事件本質，當時飛機起飛後，連機上人員都無法及時掌握航向，更遑論對外傳遞訊息。
王令麟指出，「當年本人係以商業總會理事長身分隨行登機，僅知出訪任務，對飛行路線與最終目的地並不知情。事實上，飛機起飛後，連機上人員都無法即時掌握航向，更遑論對外傳遞任何訊息。」
王令麟表示，當時東森電視之獨家報導，來自新聞團隊的專業判斷與高度敏銳度。他們透過航程、油料與國際條件推估位置，這是新聞能力的展現，而非所謂「內部洩密」。
將新聞專業的成果，反向解讀為個人洩密，不僅與事實不符，也模糊了事件本質。對於將政治語言延伸為對個人名譽的指控，我深感遺憾，也感到無奈。我相信，社會應該回到事實本身。新聞是新聞，政治是政治，請不要混為一談。
