馬英九基金會表示，馬以南透過律師發出的3點聲明，稱代表馬家人立場，但顯然對馬英九用心至深的基金會有所誤解，期盼能化解誤會，讓馬家人共同支持馬前總的做的所有決定。
基金會同時嚴正駁斥指出，基金會中目前絕對沒有任何人未經馬前總統本人親自同意利用其名義，進行不必要之行為或發布訊息。至於馬以南所稱的「輔助宣告案」，台北地方法院家事法庭尚未裁定，馬前總統無論在法律上或事實層面都是具有完全行為能力之人，無庸置疑。
基金會也強調，調查、追究前執行長蕭旭岑與王光慈涉嫌侵占與背信之責任，乃是馬前總統親自指示貼身祕書，致電前國安會秘書長金溥聰請其協助處理，絕非金溥聰欲利用馬前總統行政治鬥爭，馬前總統本人特別針對此點澄清。
基金會最後強調，不論是家人或舊屬，都是為了馬前總統著想，只是方法上尚無共識。家人之間「誤會宜解不宜結」，希望這場風波盡快落幕，讓馬前總統與家人都能恢復平靜的生活，基金會也能持續正常運作，以達成其設立的初衷。
