業者因畏懼報復，多半隱忍付款，甚至退出標案，導致小琉球垃圾清運前年9度流標、600噸垃圾堆島，臭氣沖天，還有人向專案小組檢舉，指疑似有不肖人士利用垃圾清運夾藏毒品運輸，案情恐牽涉毒品運送及公務員涉弊等爭議，檢調單位持續擴大偵辦中。
雖然李賜福已遭起訴，但該檢舉信內更驚悚的指控，是有人利用清運垃圾運毒的案外案！由於刑事局在三年前曾破獲史上最大宗的安非他命毒品海上走私案，當時印尼籍遠洋貨輪船長及船員在海上航行途中製造大量垃圾，再由小型分裝貨輪接運至高雄港丟棄。
專案小組循線在高雄港管制站前攔下運毒人車，查扣市值23億元的1.2噸安毒及上百公斤K他命夾藏垃圾堆中，循線抓到幕後金主等8人，也因為利用垃圾運毒有此前例，讓該檢舉的可信度大增。
除此之外，屏東地檢署7年前查獲台灣史上數量第2高、達470公斤的海洛因磚走私案，市價高達60億元，當時檢方即發現毒販運毒的手法不斷翻新，竟將做好防水處理的海洛因磚丟包海上，綁上訊號燈，再由岸上人員趁著黑夜著潛水裝下海接應，宛如電影情節，因此，這回接獲可能夾藏垃圾堆運毒的檢舉，也不敢掉以輕心。
加上屏東靠海，又距離東南亞較近，被國際毒梟視為最佳轉運毒品地點之一，例如自稱「屏東王」的全台最大毒梟林孝道在6年前落網，他不但曾在公海擁有十餘艘不靠港的軍火船隊，還養了菲律賓叛軍運毒，遭判刑十八年定讞。專案小組過濾小琉球垃圾運毒的情資後已展開調查，並派員暗中追查相關疑點。
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