邱于軒過去也曾遭質疑，協助老公張簡正偉的「大發食材」及「大發冷凍食品」等公司標得高雄市中小學營養午餐標案，涉嫌違反《公職人員利益衝突迴避法》及《貪污治罪條例》。
前促轉會副研究員吳佩蓉當年指控，邱于軒在2019年1月間發函給高雄林園高中，文中寫：「貴校家長陳情有關營養午餐菜色不佳問題，亦反映貴校在加入員生消費合作社後，疑似有回饋金之傳聞，為保護貴校名譽將著手調查，以維護校方家長和師生之權益」，並請學校「提供5年內營養午餐得標廠商的合約、菜單和價格表，以杜悠悠之口。」
隨後，在當年2月間，張簡正偉的大發食材行申請加入消費合作社，並成為試辦廠商；3月間，該公司便開始參與營養午餐投標，並連續獲得林園高中等共26筆標案，總得標金額571萬餘元。
儘管此案當時經雄檢偵辦以查無不法簽結，但監察院卻認定，張簡正偉參與26筆高雄市政府與學校採購案，卻未在投標文件內據實表明其妻為邱于軒，已違反《公職人員利益衝突迴避法》第14條，共重罰他名下二間公司140萬餘元。儘管張簡正偉當時不服向監院提出訴願，但經監察院訴願審議委員會審查後，認為原處分無違法或不當應予維持，訴願駁回。
事後張簡正偉發聲明說，單純是因邱于軒當時是新科議員，他們還不熟悉行政法規和新身分，因此若有罰款會虛心接受，但有人以特權，甚至各種極盡侮辱的字眼，來明示、暗示他靠著太太邱于軒的關係特權投標，「這樣的羞辱，我不認為我需要忍受。」
邱于軒當時則強調，此事跟她個人無關，被裁罰的對象是她先生的公司，不是她；她個人在外界遭受質疑之處，都已在法院相關訴訟中得到清白，無任何不法情事，希望外界不要將她和她先生的事情混為一談。
如今張簡正偉又因名下的大發食材行涉貼標、洗產地遭偵辦，且同樣涉及校園的營養午餐，真相有待司法儘速釐清、查明。
