承審法官呂寧莉庭訊一開始即表示，全案將分成甲、乙、丙三大犯罪事實進行審理，今天是針對甲，即侵占政治獻金與掏空眾望基金會背信部分進行準備程序，預計進行3次準備程序，每次間隔1個月，甲部分預計12月前結束，以免拖延訴訟，檢察官也同意，並表示在一審時被告沒有爭執的證據，就不用再調查，但法官原本的審理計劃卻被柯文哲與他的律師團打亂。
柯文哲的律師鄭深元首先指出，二審是複審制，並不是續審制，不能說一審調查過的就不能再調查，鄭深元表示，因為一審法官說重要證人沒問完就不能交保停押，柯文哲因此對很多事證都沒有爭執，以免被押到沒完沒了，如今是二審，全部程序可以重新再來一遍。柯文哲接著說，一審是押人逼供，因為檢察官說沒問完重要證人就不可以交保，當時很多證人沒有傳。
柯文哲的律師團表示，如果下次訂在10月5日開庭，作業上會來不及，希望能由1個月後延長為2個月後，承審法官呂寧莉則說，這樣就會是間隔2個月，那甲的部分光是準備程序就要6個月，柯文哲的律師管高岳則說，欲速則不達，希望有多一點的時間準備，柯的另名律師鄭深元表示，因為二審有2位律師是沒有參與一審，要求多一點的準備時間。
承審法官呂寧莉隨即說：「你們訴訟程序要拖多久」，場面略顯尷尬，呂寧莉法官隨後宣佈休庭15分鐘讓律師討論開庭時程，最後訂於10月5日傳喚今天已當庭改口認罪求輕判及緩刑的會計師端木正；10月19日傳喚李文宗及李文娟兄妹；11月16日傳喚柯文哲，呂寧莉法官在訂完庭期後說「這樣就不要再說準備不及了」
