此外，文件還署名由上海清柯負責人李紅新代表簽約，李紅新的另個身分是金沙江聯合資本副總裁，該集團背後就是由中國政府資金挹注投資，CellSeed公司經由日方律師介入調查後證實並在官網發布重大訊息，直指三顧涉嫌違背合作協議，要求嚴正要求說明，後來決定終止技轉。
熟料，楊智惠檢舉後竟是一連串惡夢的開始。同年9月，陳宗基先以董事會代表的名義，逼迫楊智惠請辭董事長，並說已經找到接替的人選，若她不從就召開董事會解任；楊完全摸不著頭緒，萬般無奈下只好發出辭職信，形同被「被解雇」三顧董事長與樂迦執行長職務。
雖然楊智惠退出三顧與樂迦團隊，但更棘手的司法追殺已悄然啟動！首先是莫名司法調查，遭控竊取「細胞層片培養」等營業祕密，實際上卻是她在義大的研究計畫，根本無涉犯罪。
隔年六月，楊智惠一下飛機就在松山機場空橋遭調查局以罕見大動作逮捕，且違法上銬十多個小時，調查局人員未完整告知罪名與程序，亦未出示搜索票，隨後在其住處梯廳拘提，並對她的行李進行附帶搜索、查扣手機與筆電，程序嚴重違法，幸好她向法院聲請提審成功才獲釋，成為當年度十大違反人權事件。
本刊還發現，居中穿針引線該筆交易的華為在台總經理雍海，取得三顧內部資料完成政大EMBA碩士學位，論文部分內容正是三顧當初控告楊智惠的膝軟骨層片技術，但三顧硬是要告楊，卻允許雍海發表論文，還隱瞞日方發明人的身分，甚至未取得日方授權同意就使用許多照片內容；日方得知後，懷疑三顧片面洩漏資料，強調不排除提告，此事件已嚴重影響台灣在國際信用上的聲譽。
